A FCMF é regularmente credenciada, de acordo com a legislação vigente, como Fundação de Apoio das seguintes instituições : 

Instituto de Aeronáutica e Espaço – IAE
Tem como objetivo ampliar o conhecimento e desenvolver soluções científico-tecnológicas para fortalecer o Poder Aeroespacial Brasileiro, por meio da Pesquisa, Desenvolvimento, Inovação, Operações de Lançamento e Serviços Tecnológicos em sistemas aeronáuticos, espaciais e de defesa.
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Instituto de Controle do Espaço Aéreo – ICEA
Têm como objetivo ser uma organização de referência nacional e m execução da capacitação de recursos humanos e realização de pesquisa no âmbito do Sistema de Controle do Espaço Aéreo Brasileiro (SISCEAB), através do aprimoramento contínuo das atividades e dos profissionais.
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Instituto de Estudos Avançados – IEAv
O Instituto de Estudos Avançados é uma Organização Militar e Instituição Científica e Tecnológica do Comando da Aeronáutica, criado em junho de 1982 e está subordinado ao Departamento de Ciência e Tecnologia Aeroespacial.
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Instituto de Fomento e Coordenação Industrial – IFI
Criado em 1967, funciona junto ao Comando-Geral de Tecnologia Aeroespacial em São José dos Campos.
A missão do IFI é colaborar na garantia do desempenho, da segurança e da disponibilidade de produtos e sistemas aeroespaciais de interesse do Comando da Aeronáutica.
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Instituto de Logística da Aeronáutica – ILA
O Instituto de Logística da Aeronáutica – ILA é o órgão central de Educação a Distância (CEAD) no âmbito do Comando-Geral de Apoio (COMGAP), tendo sua estrutura e princípios gerais de funcionamento estabelecidos pela Instrução do Comando da Aeronáutica (ICA) 37-563. Como CEAD, o ILA disponibiliza todos os recursos administrativos, acadêmicos e tecnológicos necessários para que o processo ensino-aprendizagem realizado na modalidade de educação a distância no âmbito do COMGAP seja conduzido de forma eficiente.
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ita

Instituto Tecnológico de Aeronáutica – ITA
O Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA) é uma instituição universitária pública ligada ao Comando da Aeronáutica (COMAER). Está localizado no Departamento de Ciência e Tecnologia Aeroespacial (DCTA), na cidade paulista de São José dos Campos. Especializado nas áreas de ciência e tecnologia no Setor Aeroespacial.
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