Os projetos executados com o apoio da FCMF  têm normalmente três fases ao longo de seu ciclo de vida, conforme figura acima, quais sejam:

Proposta de Projeto – onde a FCMF, apoiando os trabalhos do professor/pesquisador, futuro coordenador técnico do  projeto na segunda fase, desenvolve uma proposta, conforme diretrizes  da ICT,  em atendimento aos requisitos de  uma chamada de uma agência de fomento (por ex., FINEP, FAPESP, ANEEL, ANP, etc), ou de uma demanda de uma empresa privada. Esta fase é encerrada com a emissão e aprovação de documentos tais como o Termo de Referência,  Plano de Trabalho correspondente e a assinatura dos Instrumentos Legais entre as instituições participantes. Normalmente, a FCMF em seu papel de fundação de apoio participa também como convenente/proponente do projeto;

Execução do Projeto – nesta fase são executadas as atividades para atendimento das metas propostas no Pano de Trabalho, sob a coordenação administrativa e financeira da FCMF e a Coordenação Técnica do coordenador e sua equipe executante, definidos pela ICT. De acordo com o cronograma do Plano de Trabalho acordado, são emitidos pela FCMF os relatórios de acompanhamento administrativo/financeiro. Cabe a equipe técnica executante do projeto, a emissão dos relatórios técnicos. Esta fase é encerrada com a emissão e assinatura do Termo de Encerramento do projeto pelas entidades participantes.

Pós-Projeto – fase que dura cinco ou mais anos, onde são mantidos os arquivos da gestão administrativa e financeira do projeto, para eventuais auditorias dos participantes, quais sejam: os concedentes (agências de fomento ou empresas), os executantes (os Institutos apoiados ou as empresas) e a FCMF (a fundação de apoio).

Todas as fases são gerenciadas através do SAGI-Sistema de Gestão Integrada da FCMF,  que integra todas as atividades da organização operacional da  Fundação apresentada neste site em  Organização e Gestão.

Na figura abaixo são apresentados os principais módulos do SAGI, utilizados pela equipe da FCMF na execução de suas atividades para a gestão dos projetos, onde também são assinaladas suas interfaces externas.