A FCMF é regularmente credenciada, de acordo com a legislação vigente, como Fundação de Apoio das seguintes instituições : 

IAE (Instituto de Aeronáutica e Espaço)
Tem como objetivo ampliar o conhecimento e desenvolver soluções científico-tecnológicas para fortalecer o Poder Aeroespacial Brasileiro, por meio da Pesquisa, Desenvolvimento, Inovação, Operações de Lançamento e Serviços Tecnológicos em sistemas aeronáuticos, espaciais e de defesa.
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ICEA (Instituto de Controle do Espaço Aéreo)
Têm como objetivo ser uma organização de referência nacional e m execução da capacitação de recursos humanos e realização de pesquisa no âmbito do Sistema de Controle do Espaço Aéreo Brasileiro (SISCEAB), através do aprimoramento contínuo das atividades e dos profissionais.
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IEAv (Instituto de Estudos Avançados)
O Instituto de Estudos Avançados é uma Organização Militar e Instituição Científica e Tecnológica do Comando da Aeronáutica, criado em junho de 1982 e está subordinado ao Departamento de Ciência e Tecnologia Aeroespacial.
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IFI (Instituto de Fomento e Coordenação Industrial)
Criado em 1967, funciona junto ao Comando-Geral de Tecnologia Aeroespacial em São José dos Campos.
A missão do IFI é colaborar na garantia do desempenho, da segurança e da disponibilidade de produtos e sistemas aeroespaciais de interesse do Comando da Aeronáutica.
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ITA (Instituto Tecnológico de Aeronáutica)
O Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA) é uma instituição universitária pública ligada ao Comando da Aeronáutica (COMAER). Está localizado no Departamento de Ciência e Tecnologia Aeroespacial (DCTA), na cidade paulista de São José dos Campos. Especializado nas áreas de ciência e tecnologia no Setor Aeroespacial.
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